Hľadaj Zobraz: Univerzity Kategórie Rozšírené vyhľadávanie

44 618   projektov
18 nových

Analýza multivariačních dat v taxonomii (fenetické metody): Karol Marhold a Jan Suda

«»
Prípona
.pdf
Typ
skriptá
Stiahnuté
0 x
Veľkosť
2,6 MB
Jazyk
český
ID projektu
13433
Posledná úprava
09.12.2020
Zobrazené
586 x
Autor:
-
Facebook icon
Detaily projektu
Popis:
Následující kapitoly, které tvoří první a jistě ještě velmi nedokonalou verzi budoucích skript, by měly být (alespoň v to doufáme) nápomocny při řešení praktických problémů, s nimiž se taxonom při využití morfometrických metod setká. Kromě základních harakteristik jednotlivých metod jsme se snažili přiblížit postupy, které jsme využívali během taxonomického hodnocení různých skupin rostlin, naznačit potenciální problémy, možné interpretace výsledků analýz; zkrátka pokusit se najít odpovědi na otázky typu „Jak to mám dělat? Na co si dát pozor? Co s výsledky?“ Uvedené postupy jsou alternativní, nekladou si nárok na úplnost a jistě nejsou těmi jedinými správnými. Neradi bychom, aby se jednalo o „kuchařku“, která bude bezmyšlenkovitě následována. I v morfometrice totiž platí: zdravý selský rozum především.

Předložený text je rozdělen do dvou částí. V první části pojednáváme o znacích a vysvětlujeme podstatu jednotlivých metod, které se používají na tvorbu a testování hypotéz. Druhá část textu začíná rozborem několika příkladových studií. Konkrétní postupy a použití statistických programových balíků v těchto příkladových studiích jsou uvedeny v dalším textu. Tato část zároveň slouží jako velmi stručná příručka pro použití programových balíků SAS a SYN-TAX.

Při výběru programů, na kterých ilustrujeme použití jednotlivých metod, jsme se řídili mírou jejich dostupnosti, přičemž jsme se snažili vybrat takové, které jsou využitelné nejen na úrovni seminárních, případně bakalářských prací, ale také v diplomových a doktorských pracích. Věříme, že programy SAS a SYN-TAX splňují tyto předpoklady. Pro oba produkty jsou na Přírodovědecké fakultě UK (ale také na jiných pracovištích v České republice a na Slovensku) k dispozici licence, a doufáme, že politika nákupu software umožní jejich legální využívání také v budoucnosti. Doufáme, že uživatelé programu SYN-TAX uvítají novou verzi programu (pro operační systém MS Windows), která není limitovaná některými omezeními nižší verze pro operační systém DOS, zejména pokud se týká počtu analyzovaných objektů a znaků. V této verzi učebního textu se opíráme o beta verzi programu, kterou nám laskavě poskytl jeho autor, János Podani, přesto doufáme, že v době tisku konečné verze skript bude též komerčně dostupná definitivní verze.
...

Kľúčové slová:

analýza

taxonómia

morfometrika

morfometrická analýza

Wardova metóda

Minimum spanning trees

minimálna kostra grafu

SYN-TAX

PCA

PCoA

SAS taxón

rastlina

list



Obsah:
  • 1. Předmluva
    2. Morfometrické analýzy, jaké otázky si klademe?
    3. Znaky a jejich výběr, počet objektů
    4. Obvyklé kroky a metody používané v morfometrické analýze
    5. Koeficienty vyjadřující vztahy mezi objekty
    6. Standardizace a transformace dat
    7. Shlukovací analýzy
    7.1. Jednospojová metoda
    7.2. Všespojová metoda
    7.3. Průměrová metoda
    7.4. Centroidová metoda
    7.5. Mediánová metoda
    7.6. Wardova metoda
    7.7. Vazby
    7.8. Minimum spanning trees
    7.9. Obecné poznámky ke shlukovacím metodám
    8. Ordinační metody
    8.1. Analýza hlavních komponentů
    8.2. Analýza hlavních koordinát
    8.3. Nemetrické mnohorozměrné škálování
    9. Diskriminační analýzy
    9.1. Kanonická diskriminační analýza
    9.2. Klasifikační diskriminační analýza
    9.3. Kroková diskriminační analýza
    10. Specifika analýzy molekulárních dat
    10.1. Možnosti použití fenetických metod
    10.2. Metoda spojování sousedních objektů
    11. Příkladové studie
    12. Použití počítačových programů na konkrétních příkladech
    SYN-TAX
    Shlukovací metody
    Neighbor-joining method
    PCA
    PCoA
    SAS
    Základní statistika
    Korelační koeficienty
    PCA
    Diskriminační analýzy
    13. Seznam použité a citované literatury

Zdroje:
  • Backejlau T., de Bruyn L., de Wolf, Jordaens K., van Dongen & Winnepenninckx B. 1996. Multiple UPGMA and neighbor-joining trees and the performance of some computer programs. Molec. Biol. Ecol. 13: 309-313.
  • Dunn, G. & Everitt, B.S. 1982. An introduction to mathematical taxonomy. Cambidge University Press, Cambridge.
  • Everitt, B.S. & Dunn, G. 1983. Advanced methods of data exploration and modelling. Heinemann Educational Books, London.
  • Gilmartin A.J. 1974. Variation within populations and classification. Taxon 23: 523-536.
  • Gilmartin A.J. & Hart, J.E. 1986. Computation of variation within and among population samples. Taxon 35: 682/684.
  • Hill, M.O. 1979. DECORANA - A FORTRAN program for detrended correspondence analysis and reciprocal averaging. Cornell University, Ithaca.
  • Klecka, W.R. 1980. Discriminant analysis. (Sage University Papers, Series: Quantitative applications in the social sciences, no. 19). Sage Publications, Beverly Hills & London.
  • Krzanowski, W.J. 1990. Principles of multivariate analysis.Clarendon Press, Oxford.
  • Legendre P. & Legendre L. 1998. Numerical ecology. Second English edition. Elsevier, Amsterdam.
  • Lihová, J., Marhold, K. & Neuffer, B. 2000: Taxonomy of Cardamine amara (Cruciferae) in the Iberian Peninsula. Taxon 49: 747-763.
  • Marhold, K., 1992: A multivariate morphometric study of the Cardamine amara group (Cruciferae) in the Carpathian and Sudeten mountains. - Bot. J. Linn. Soc. 110: 121-135.
  • Podani, J. 1994. Multivariate data analysis in ecology and systematics. SPB Academic Publishing bv, The Hague.
  • Saitou N. & Nei M. 1987. The neighbor-joining method, a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molec. Biol. Ecol. 4: 406-425.
  • Thorpe, R.S., 1976. Biometric analysis of geographic variation and racial varieties. Biol. Rev. 51: 407-452.
  • van de Peer, Y. & de Wachter, R. 1994. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment. Computer Appl. Biosci. 10: 569-570.